Um die einzelnen Informationsobjekte miteinander in Beziehung zu setzen, benutzt man speziell hierfür vorgesehene Werkzeuge. Diese Strukturierungswerkzeuge lassen sich in zwei Klassen aufteilen. Die eine erlaubt es dem Entwickler, die gewünschten Beziehungen komfortabel am Computer selbst zu erarbeiten und zu visualisieren. Hierbei wird dem Entwickler der Blick auf das zugrundeliegende Beziehungsnetzwerk jedoch ganz oder teilweise verwehrt. Ein Beispiel hierfür sind die sog. Timeline-Editoren, mit denen zeitliche Abhängigkeiten spezifiziert werden können [Bol94].
Die andere Klasse erlaubt die explizite Festlegung des Beziehungsnetzwerkes mit speziellen Grapheditoren. Hier kann der Entwickler sehr differenzierte Angaben machen, muß jedoch i. d. R. einen höheren Aufwand in Kauf nehmen. Teile des abgespeicherten Netzwerkes könn häufig zur Sammlung von komplexen Informationsobjekten dienen [Bol94]. Hierdurch lassen sich derartige Objekte in mehrere Anwendungen einbinden.